El asesinato del capitán y reo Byron Lima en medio de un confuso ataque continúa rodeado de misterio, ya que varias hipótesis se manejan en torno al motín en Pavón, mientras tanto ha quedado al desnudo que el sistema penitenciario del país ha colapsado y no es garantía de seguridad para ninguno de los privados de libertad.
La fiscalía a cargo de la investigación tiene varias líneas de investigación, según ha trascendido: la primera y la más repetida, es que el ataque provino de parte del grupo del narcotraficante Marvin Montiel Marín, alias El Taquero. Gente armada, al servicio de este reo, atacaron lo que se conocía como anillo de seguridad de Lima, quien recibió varios disparos que le quitaron la vida instantáneamente. Esta versión es la que también maneja el Ministerio de Gobernación.
Este ataque directo al reo fallecido podría ser la pugna entre grupos de poder por el control de los presidios y el el tráfico de drogas dentro de las cárceles. Otras línea de investigación es que el ataque pudo ser ordenado desde fuera de presidios, aunque esta hipótesis tiene menos sustento y no habría un móvil claramente definido. Se habla de los grupos a los que Lima ha afectado en el pasado.
La familia del exmilitar estima que lo que se dió fue un crimen de Estado, tomando en cuenta que Lima era alguien incómodo por sus constantes denuncias que realizaba desde el presidio sin ninguna restricción.
Algunos analistas piensan también que es una forma de seguir borrando eventuales pistas para que algún día se aclare en su totalidad el asesinato de monseñor Gerardi, por el cual Lima cumplía condena. Varios implicados o testigos de este caso han sido asesinados.
El Ministerio Público ha asegurado que llevará a cabo una minuciosa investigación, sin embargo la propia Fiscal General Thelma Aldana sostiene que no se deben hacer especulaciones del tema.